Depuis le premier cas de maladie à coronavirus, en décembre 2019, la maladie pandémique s’est propagée à des millions de personnes dans le monde.Cette pandémie mondiale du romancoronavirus 2 du syndrome respiratoire aigu sévère (SRAS-CoV-2)est l’une des crises sanitaires mondiales les plus graves et les plus préoccupantes des temps modernes, représentant de grandes menaces pour le monde et affectant tous les aspects de la vie humaine.[1]
Les coronavirus sont des virus à ARN simple brin enveloppés de sens positif de la famille des Coronaviridae, qui ont un large spectre d'hôtes tels que les humains, les chauves-souris, les chameaux et les espèces aviaires, y compris le bétail et les animaux de compagnie, ce qui constitue une menace pour la santé publique. 1 Les coronavirus sont classés dans la sous-famille des Orthocoronavirinae, qui est divisée en quatre genres, en fonction des différences dans les séquences protéiques : a-coronavirus, b-coronavirus, g-coronavirus et d-coronavirus.Les coronavirus a et les coronavirus b n'infectent que les mammifères, tandis que les coronavirus g et les coronavirus d infectent principalement les oiseaux, bien que certains d'entre eux puissent infecter les mammifères.HCoV-229E,
oV-OC43, HCoV-NL63, HCoV-HKU1, SARSCoV, MERS-CoV et SARS-CoV-2 sont les sept coronavirus identifiés comme infectant les humains.Parmi eux, le SARSCoV et le MERS-CoV, apparus dans la population humaine en 2002 et 2012, sont hautement pathogènes.Alors que les souches de coronavirus humain (HCoV)-229E, HCoV-NL63, HCoV-OC43 ou HCoV-HKU1 circulant dans la population humaine ne provoquent que le rhume7, le coronavirus 2 du syndrome respiratoire aigu sévère (SRAS-CoV2), l'agent causal du Le COVID-19 est un nouveau coronavirus B, apparu fin 2019 et ayant entraîné des décès dévastateurs.Les principaux symptômes deCOVID 19sont similaires à ceux du SRAS-CoV et du MERS-CoV : fièvre, fatigue, toux sèche, douleurs dans la partie supérieure de la poitrine, parfois diarrhée et dyspnée.Contrairement au passéinfections à coronavirus (CoV), la dissémination mondiale rapide, le taux de transmission élevé, la durée d’incubation plus longue, les infections plus asymptomatiques et la gravité de la maladie du SRAS-CoV-2 nécessitent des connaissances approfondies sur les stratégies d’évasion immunitaire virale.
Comme d’autres coronavirus humains (SARS-CoV-2, MERS-CoV), le SARSCoV-2 possède également un génome d’ARN simple brin de sens positif d’environ 30 kb.Comme le montre la figure 1, les protéines de la nucléocapside virale (N) regroupent le génome en un grand complexe de ribonucléoprotéines (RNP), qui est ensuite enveloppé par des lipides et des protéines virales S (pointe), M (membrane) et E (enveloppe).L'extrémité 50 du génome possède deux grands cadres ouverts de lecture (ORF), ORF1a et ORF1b, codant pour les polypeptides pp1a et pp1b, qui sont produits en 16 protéines non structurales (NSP) impliquant tous les aspects de la réplication virale par les protéases virales NSP3 et NSP5 qui hébergent un domaine de protéase de type papaïne et un domaine de protéase de type 3C, respectivement.9 L'extrémité 30 du génome code pour des protéines structurelles et des protéines accessoires, parmi lesquelles ORF3a, ORF6, ORF7a et ORF7b se sont avérées être des protéines structurelles virales impliquées dans la formation de particules virales et ORF3b et ORF6 fonctionnent comme des antagonistes de l'interféron.Selon l'annotation actuelle basée sur la similarité de séquence avec d'autres coronavirus B, le SRAS-CoV-2 comprend des prédictions de six protéines accessoires (3a, 6, 7a, 7b, 8 et 10).Cependant, tous ces ORF n’ont pas encore été validés expérimentalement, et le nombre exact de gènes accessoires du SRAS-CoV-2 reste un point de discorde.Par conséquent, on ne sait toujours pas quels gènes accessoires sont réellement exprimés par ce génome compact.[2]
Des tests hautement sensibles et spécifiques sont essentiels pour identifier et gérer les patients atteints de COVID-19 ainsi que pour mettre en œuvre des mesures de contrôle visant à limiter l’épidémie.Les tests moléculaires au point de service (POC) ont le potentiel de permettre une détection et un isolement plus précoces des cas confirmés de SRAS-CoV-2, par rapport aux méthodes de diagnostic en laboratoire, réduisant ainsi la transmission domestique et communautaire.
[1]Impact clinique et opérationnel de la détection rapide du SRAS-CoV-2 au point d'intervention dans un service d'urgence
[2] La bataille entre l’hôte et le SRAS-CoV-2 : immunité innée et stratégies d’évasion virale
Heure de publication : 25 mai 2022